Pełna wersja programu dla Play Station 4, stworzona przez MAGES.
W STEINS;GATE ELITE grasz jako grupa uczniów szkoły średniej, którzy odkrywają sposób na zmianę przeszłości za pomocą e-maila przy użyciu zmodyfikowanego mikrofalówki.
Zaczynają od założenia konta w usłudze informacyjnej szkoły i otrzymują list informujący, że zostali zapisani do programu o nazwie STEINS;GATE ELITE (Science Fiction and Temporal Research). Uczniowie odkrywają, że program jest w rzeczywistości tajnym projektem organizacji o nazwie SERN (Science and Natural Science Research Organization), która stoi za Wielkim Zderzaczem Hadronów i twierdzi, że pochodzi z dystopijnej przyszłości.
Odkrywają, że ich program wymknął się spod kontroli i że stali się częścią spisku.
Odkrywają również, że przeszłość uległa zmianie i że są jej przyczyną.
